In Nutjitsu spielst du einen Ninja – einen Meister der alten Kunst des Nutjitsu. Während du dir deinen Weg durch die einzelnen Level bahnst, musst du Eicheln einsammeln, um Missionsziele zu erreichen und so viele Punkte wie möglich zu erhalten. Je mehr Eicheln du sammelst, desto mehr Kitsune werden auf dich aufmerksam. Wenn sie deine Fährte finden, verfolgen sie dich. Erreichen sie dich, ist das Spiel vorbei! Laufe vor ihnen davon oder benutze Ninja-Kräfte, um ihnen auszuweichen. Beim Spielen und Abschließen von Leveln erhältst du EP und Goldeicheln. Wenn du im Rang aufsteigst, erhältst du neue Ninja-Kräfte, neue Eicheln, mächtige Verbesserungen und neue spielbare Level. Mit deinen Goldeicheln kannst du weitere Kräfte und Verbesserungen im Laden kaufen, die dir helfen, deine Gegner zu überlisten.