Em Nutjitsu, jogas como um ninja, mestre da arte antiga de Nutjitsu. À medida que navegas em cada nível, tens de apanhar bolotas para maximizar a tua pontuação e concluir objetivos. À medida que apanhas bolotas, mais raposas serão alertadas para a tua presença. Se elas apanharem o teu rasto, começarão a perseguir-te. Se te alcançarem, o jogo termina! Deixa-as ficar para trás ou usa poderes de ninja para lhes fugires. À medida que jogas e concluis níveis, ganhas XP e moedotas. À medida que sobes de classe, desbloqueias poderes de ninja, novas bolotas, atualizações poderosas e novos níveis para jogares. Usa as moedotas que ganhaste na loja para comprares mais poderes e atualizações de que precisas para teres sucesso.

Mover
Usar poder de ninja na 1.ª vaga
Usar poder de ninja na 2.ª vaga
Usar poder de ninja na 3.ª vaga
Usar poder de ninja na 4.ª vaga
Pausa

Neste modo, a tua tarefa é apanhar um determinado número de bolotas. O número de bolotas necessárias para concluir a missão é mostrado no ecrã de introdução da missão e no jogo. Qualquer tipo de bolota apanhada conta para o objetivo da missão. Quando todas as bolotas tiverem sido apanhadas, a missão está concluída.

Neste modo é apresentada uma cor específica de bolota à direita, juntamente com o número total de bolotas que é preciso apanhar. Apenas as bolotas correspondentes a esta cor contam para o total da missão. A cor da bolota necessária muda com o tempo, por isso fica atento. Atinge o total para concluíres a missão.

Neste modo, tens de apanhar bolotas e em seguida trazê-las para o ponto de entrega. Apenas podes ter 8 bolotas de cada vez. O ecrã à direita mostra quantas mais podes transportar. Se o teu saco estiver cheio, tens de esvaziá-lo num ponto de entrega antes de poderes pôr mais no saco.

Sempre que tens bolotas no teu saco, podes entregá-las num ponto de entrega, mesmo que o saco não esteja cheio. Basta caminhar sobre o ponto de entrega e as bolotas são entregues. Quando tiverem sido entregues bolotas suficientes, a missão está concluída.

Nesta missão, a tua tarefa é recuperar pergaminhos secretos das raposas. O número de pergaminhos necessários para concluir a missão é mostrado no ecrã de introdução da missão e no jogo. Os pergaminhos aparecem um de cada vez e apenas estão disponíveis durante alguns segundos. Quando todos os pergaminhos necessários tiverem sido apanhados, a missão está concluída.

Neste modo, surge no mapa uma zona mágica. A zona brilha a azul quando o ninja não está nela e muda para um tom dourado vivo quando o Ninja se encontra escondido no interior. A quantidade de tempo (em segundos) que tens de ficar na zona mágica é indicado à direita. A zona mágica move-se ocasionalmente para outra localização no mapa. Mantém-te nela o tempo suficiente para concluíres a missão.

No modo Sobrevivência, o teu objetivo é apanhar o maior número possível de bolotas antes de seres capturado. As pontuações máximas que obténs no modo Sobrevivência podem ser publicadas no quadro das pontuações globais. Usa o ecrã de gestão Poderes de ninja para escolheres e reabasteceres os teus poderes de ninja, e em seguida seleciona o mapa onde queres jogar. Cada vez mais raposas aparecem à medida que apanhas bolotas, por isso usa os teus poderes de ninja com cuidado para alcançares a pontuação mais alta que conseguires.

Usa a Bomba de Fumo para te envolveres numa neblina impenetrável. Usar uma Bomba de Fumo apaga o teu rasto; além disso, não deixas pegadas enquanto a Bomba de Fumo está ativa. Qualquer raposa que esteja no teu encalço quando usas a Bomba de Fumo perde imediatamente o teu rasto. Quando estás invisível, podes passar pelas raposas sem medo de seres apanhado. A Bomba de Fumo dura apenas um tempo limitado. As Bombas de Fumo podem ser compradas com moedotas na loja. Ganhas 100 XP de cada vez que usas uma Bomba de Fumo. A Bomba de Fumo é desbloqueada na classe 3.

Usa a Poção da Velocidade para aumentares consideravelmente a tua velocidade durante um curto período de tempo. Chega a uma bolota antes de desaparecer ou foge dos inimigos em perseguição. As Poções da Velocidade podem ser compradas com moedotas na loja. Ganhas 100 XP de cada vez que usas uma Poção da Velocidade. A Poção da Velocidade é desbloqueada na classe 8.

Usa uma Bomba Congelante para prenderes temporariamente em gelo todas as raposas visíveis no ecrã. Se houver raposas a perseguir-te quando a Bomba Congelante é usada, perdem o teu rasto. As raposas não podem mover-se quando estão congeladas e tu podes passar em segurança por elas enquanto estão presas em gelo. As Bombas Congelantes podem ser compradas com moedotas na loja. Ganhas 100 XP cada vez que usas uma Bomba Congelante. A Bomba de Fumo é desbloqueada na classe 13.

Usa um Clone da Sombra para criares uma cópia de ti, a fim de enganares as raposas. O Clone da Sombra deixa o seu próprio rasto, que os teus inimigos irão seguir. Se estiveres a ser perseguido quando usas um Clone da Sombra, os inimigos que te seguem passam a perseguir o Clone da Sombra. Os Clones da Sombra podem ser comprados com moedotas na loja. Ganhas 100 XP de cada vez que usas um Clone da Sombra. O Clone da Sombra é desbloqueado na classe 17.

Usa um Escudo Flamejante para criares uma bola de fogo giratória à volta do ninja. Esta bola de fogo dura muito tempo. O primeiro inimigo a entrar em contacto com o Escudo Flamejante é incinerado. Ao contrário de outros poderes de ninja, apenas é possível usar 3 Escudos Flamejantes num jogo, mesmo com outras atualizações. Os Escudos Flamejantes podem ser comprados com moedotas na loja. Ganhas 100 XP de cada vez que usas um Escudo Flamejante. O Escudo Flamejante é desbloqueado na classe 23.

O caçador nunca desiste da sua perseguição ao ninja. O seu ritmo constante torna os seus movimentos previsíveis.

O corredor move-se rapidamente de proteção em proteção, examinando o que o rodeia antes de correr a toda a velocidade para a posição seguinte.

O trapeiro aplica venenos potentes na sua lâmina que pingam para onde quer que ele caminhe. Quando o ninja pisa este veneno, fica enfraquecido durante alguns segundos.

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