Em Nutjitsu, jogas como um ninja, mestre da arte antiga de Nutjitsu. À medida que navegas em cada nível, tens de apanhar bolotas para maximizar a tua pontuação e concluir objetivos. À medida que apanhas bolotas, mais raposas serão alertadas para a tua presença. Se elas apanharem o teu rasto, começarão a perseguir-te. Se te alcançarem, o jogo termina! Deixa-as ficar para trás ou usa poderes de ninja para lhes fugires. À medida que jogas e concluis níveis, ganhas XP e moedotas. À medida que sobes de classe, desbloqueias poderes de ninja, novas bolotas, atualizações poderosas e novos níveis para jogares. Usa as moedotas que ganhaste na loja para comprares mais poderes e atualizações de que precisas para teres sucesso.