Marvel Puzzle Quest: Dark Reign ist ein auf dem Marvel Universum basierendes Puzzle-Rollenspiel (Match-3 RPG). Das Spiel verbindet eine schnelle, strategische und reaktionsschnelle Spielmethodik bei der Erstellung von 3er-Spielsteinreihen mit den komplexen Inhalten und Elementen eines Rollenspiels. Die Spieler können aus einer Liste von Marvel Superhelden und Superschurken ihre Teams bilden. Dazu zählen unter anderem Iron Man, Thor und Venom, die auch in der Story von Marvel Puzzle Quest eine bedeutende Rolle spielen. Zum ersten Mal in der Puzzle Quest-Serie kommen in diesem Spiel die teambasierten Heldeneinheiten zum Einsatz. Hierbei können die Spieler bis zu 3 Charaktere auswählen und gegen bis zu 3 Feinde gleichzeitig kämpfen. Bei einer Übereinstimmung von 3 oder mehr Teilen fügen die Spieler dem gegnerischen Team Schaden zu. Zudem generieren die Teileübereinstimmungen Energie für die Spezialfähigkeiten der Charaktere. Wenn diese Fähigkeiten aktiviert werden, zeigt eine Animation, wie der ausgewählte Held oder Schurke seine Superkraft anwendet und welche Schäden und Folgen durch die jeweiligen Aktionen auftreten. Zu den weiteren Features des Spiels gehört zudem das Rekrutieren vieler verschiedener Helden und Schurken von Marvel sowie ein komplexes Levelsystem (Charakter-Upgrades). Um sich auf die verschiedenen Gegner des Storymodus’ strategisch perfekt einzustellen, können die Spieler im Einzelspielermodus bestimmte Charaktere in den Kampf schicken, deren Fähigkeiten sich am besten ergänzen. Im Zuge des Spiels können die Spieler auch Bonusgegenstände sammeln und freischalten. Dazu zählen unter anderem Comic Cover, mit denen Charaktere verbessert oder neue Charaktere freigeschaltet werden können. Zudem gibt es die Möglichkeit, die Teamfähigkeiten zu verändern oder auch die aktuellen Fähigkeiten eines Charakters zu stärken.
Das Spiel bietet auch einen Spieler-gegen-Spieler-Modus, bei dem die Spieler ihre hochgelevelten Heldenteams gegeneinander antreten lassen können, um zu sehen, wer das beste Team zusammengestellt hat!
Die Story: Der Spieler muss ein Team von Helden zusammenstellen, um Norman Osborn und die Dark Avengers davon abzuhalten, die Kontrolle über eine mächtige neue Substanz namens „ISO-8“ zu übernehmen. Der Spieler steuert eine Gruppe von Helden, die für die Terrorbekämpfungsbehörde S.H.I.E.L.D. arbeiten und den größenwahnsinnigen Osborn davon abhalten müssen, die Welt mit einer waffenfähigen Form des Iso-8 zu bedrohen.
Ziel des Spiels ist, eine Übereinstimmung von 3 oder mehr Teilen der gleichen Farbe zu erzielen, um damit Schaden zu verursachen und die Gegner zu besiegen. Man kann nur Teile austauschen, die unmittelbar neben-, ober- oder untereinander stehen. Die Positionen können also nur horizontal und vertikal aber nicht diagonal getauscht werden.
Zur Kenntlichmachung wird oberhalb der Teile ein Auswahlsymbol angezeigt.
Um einen Teiletausch zu starten, drückt der Spieler die A-Taste. Das aktuell markierte Teil wird dadurch „aktiv“.
Durch Drücken in die gewünschte Richtung wird dann das aktive Teil bewegt und tauscht so mit dem Teil in der benachbarten Position die Plätze.
Durch erneutes Drücken der A-Taste, bevor das aktive Teil die neue Position endgültig einnimmt, kann die Aktion abgebrochen werden.
Nach einer Übereinstimmung verschwinden die Teile, laden dabei (je nach benötigter Farbe) die Fähigkeiten der Charaktere auf und fügen den gegnerischen Charakteren Schaden zu. Wenn die Fähigkeit eines Charakters aktiv ist, leuchtet sie auf. Durch Drücken des Linken Bumpers kann man dann das Fähigkeitenfenster aufrufen und mit links/rechts durch die verschiedenen Fähigkeiten des Charakters navigieren. Die verfügbaren Fähigkeiten werden mit hoch/runter ausgewählt. Durch Drücken der A-Taste wird die Fähigkeit aktiviert. (Bitte beachten: Einige Fähigkeiten erfordern neben dem Drücken der A-Taste noch weitere Aktionen, die dann jeweils auf dem Bildschirm angezeigt werden).
Um ein Spiel zu gewinnen, muss die Gesundheitsanzeige des gegnerischen Teams am unteren rechten Bildschirmrand vollständig geleert werden. Wenn diese Anzeige auf Null fällt, ist das Spiel gewonnen. Wenn die Gesundheitsanzeige des eigenen Teams am unteren linken Bildschirmrand vollständig geleert wird, ist das Spiel verloren.
Nach jedem Kampf kann der Spieler maximal 1 Cover freischalten. Alle Cover werden nach den Kämpfen ausgegeben.